ウインクリューガー新馬戦を勝利した後、オープンの萩ステークスに挑戦したが、4着に敗れる。翌2003年の白梅賞では、後のクラシック2冠馬ネオユニヴァースと0.1秒差の好勝負をするが、斜行により5着降着となった。この戦いが評価され、次走のこぶし賞では1番人気に押されたが、11着と惨敗した。
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テレグノシス2002年NHKマイルカップでは2回斜行し、進路妨害による降着かと思われたが、15分の審議の結果降着処分にはならなかった。被害を受けた1番人気で後に東京優駿（日本ダービー）を勝つ鬼脚の持ち主タニノギムレットの鞍上武豊はこの事に激怒したという。
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2001年NHKマイルカップでクロフネは単勝1.2倍の圧倒的1番人気に推される。ところが、13番人気のグラスエイコウオーが逃げ、先頭をキープしたまま最後の直線に入ると場内は騒然となったが、クロフネは最後方から追い込み、ゴール直前でグラスエイコウオーを1/2馬身差でかわして勝利した。これが初GI勝利となった。
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イーグルカフェ2000年になると共同通信杯4歳ステークス（GIII）を勝つ。しかし、当時はまだクラシック競走に外国産馬の出走枠が無く、その他の4歳外国産馬と同様に、マル外ダービーと呼ばれていたNHKマイルカップ路線を歩む。
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